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Die Fauna-Flora-Habitat-Richtlinie (FFH-Richtlinie) wurde 1992 vom Rat der Europäischen Gemeinschaft erlassen. Ziel dieser Richtlinie ist es, die biologische Vielfalt der Tier- und Pflanzenarten sowie der Lebensraumtypen zu erhalten.
Dies geschieht durch den Aufbau eines europaweit vernetzten Schutzgebietsystems mit dem Namen Natura 2000. Die Natura 2000-Gebiete umfassen nicht nur die Flächen, die nach der FFH-Richtlinie ausgewiesen werden, sondern auch Gebiete der 1979 in Kraft getretenen EG-Vogelschutzrichtlinie.
Deutschland setzte die FFH-Richtlinie 1998 in ihrer 2. Novelle des Bundesnaturschutzgesetzes um. Seitdem wurden an der Elbe bereits zahlreiche FFH-Gebiete gemeldet. Zu ihnen gehören unter anderem das Hamburger Wattenmeer und die Borghorster Elblandschaft. Projekte, die in dieses Schutzgebietsystem eingreifen, müssen sich zuvor einer Verträglichkeitsprüfung unterziehen. Dies gilt auch für den Fahrrinnenausbau der Elbe. Bereits in der Voruntersuchung des Ausbaus wurde festgestellt, dass eine gravierende Beeinträchtigung der Natura 2000-Gebiete im Sinne der Richtlinie nicht zu erwarten ist. Dies wird im Rahmen der FFH-Verträglichkeitsuntersuchung detailliert geprüft.
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